En 1991, la Croatie (son pays d’origine) proclame son indépendance. Une guerre éclate avec les sécessionnistes serbes. Cette minorité (15% de la population de la Croatie d’alors), soutenue par l’armée de Belgrade conquiert le tiers du territoire croate. Des massacres sont perpétrés. Des Croates sont déplacés. Gotovina s’engage dans la Garde nationale croate (noyau de l’armée en formation). Un an plus tard, il devient général. En août 1995, il est nommé commandant de l’opération Tempête, qui doit permettre de reprendre le contrôle de Knin (centre du pays, « capitale » de la république serbe de Krajina). La mission est remplie en 48h. Mais ce sont les exactions commises -massacre de 324 civils serbes et déplacement de 90.000- qui lui vaudront d’être inculpé par le tribunal pénal international pour l’ex-Yougoslavie (TPIY). Des associations de victimes serbes, de leur côté, évoquent les chiffres de 220.000 réfugiés et 1.150 civils tués.
En 2000, il est mis à la retraite par le président croate, Stepe Mesic, pour avoir publié une lettre avec d’autres officiers généraux, rejetant les critiques sur leur rôle pendant la guerre. Ante Gotovina est alors inspecteur général de l’armée nationale. En 2001, année de l’inculpation par le TPIY, la justice croate émet un mandat d’arrêt. Lui nie les accusations portées contre lui. Mais il prend la fuite. On le dit alors en contact avec le MI6 britannique, la DGSE française, réfugié dans un monastère franciscain en Croatie. « L’affaire Gotovina », qui recèle la part d’ombre de nombreux pays acteurs du dossier, ralentit les négociations sur l’entrée de la Croatie au sein de l’Union européenne (qui se réalisera en 2013). Finalement, l’ex-général est arrêté en 2005, en Espagne, aux Canaries. Condamné, en 2011, à 24 ans de prison par le TPIY en première instance pour crime contre l’humanité et crimes de guerre, Ante Gotovina a été hier acquitté en appel en compagnie du général Markac condamné pour les mêmes faits à 18 ans (cet ancien policier s’était lui, rendu volontairement en 2004). Les juges ont estimé « erroné » le raisonnement qui avait permis la condamnation des deux hommes. Selon celui-ci, tout tir d’artillerie tombant à plus de 200 m d’une cible militaire était une attaque contre des civils. Rejetant, également, l’existence « d’une entreprise criminelle commune ».
Des milliers de Croates rassemblés sur la place centrale de Zagreb ont accueilli par des cris de joie, l’acquittement de « leurs héros ». Traduit politiquement par le président croate Ivo Josipovic : « Le jugement a confirmé que la Croatie n’a pas commis de nettoyage ethnique et que le combat de nos défenseurs a été juste… ». Son homologue serbe,Tomislav Nicolic, considère au contraire cette décision « scandaleuse ». Celle-ci « ne contribuera pas à la stabilisation de la situation dans la région ». Le conflit serbo-croate a fait 20.000 morts.
